В 1994 году Институту присвоен статус Государственного научного центра Российской Федерации.

В настоящее время Институт иммунологии возглавляет лауреат Государственной премии, академик РАН и РАМН, профессор Рахим Мусаевич Хаитов. Ему принадлежит ряд открытий в области фундаментальной иммунологии, биотехнологии, аллергологии, иммунологии СПИДа. Он является ведущим специалистом России в области иммунологии и аллергологии.

В состав Института входят научные и клинические подразделения — это позволяет проводить весь комплекс научно-исследовательских работ — от фундаментальных исследований до внедрения разработок в практическое здравоохранение.

В Институте работают более 500 человек, в том числе 60 профессоров и докторов наук, 1 академик РАН, 3 академика РАМН, 1 член - корреспондент РАМН и 25 членов других отечественных и зарубежных академий.

Институт располагает уникальным комплексом экспериментального, диагностического и лечебного оборудования. Кроме того, имеются действующие пилотные установки, предназначенные для получения в полупромышленных количествах разрабатываемых в Институте препаратов для проведения клинических и доклинических испытаний.

В Институте иммунологии осуществляется широкий спектр фундаментальных и прикладных исследований в области иммуногенетики, иммуно-фармакологии, иммунобиотехнологии, молекулярных механизмов иммунного ответа, иммунокоррекции. Результаты научных разработок позволили создать и внедрить в клиническую практику ряд принципиально новых лекарств — иммуномодуляторов. Наиболее известные из них полиоксидоний и миелопид. Разработаны иммуногенетические принципы создания искусственных вакцин нового поколения с повышенными иммунизирующими свойствами. На основе этих принципов создана, производится и широко используется в практическом здравоохранении противогриппозная вакцина нового поколения на основе синтетического иммуномодулятора «Гриппол». На различных стадиях разработки находятся ряд вакцин против социально значимых и особо опасных инфекций — туберкулез, брюшной тиф, бруцеллез, гепатиты и др. Созданы и внедряются в клиническую практику препараты нового поколения для лечения аллергий, не имеющие аналогов в мире, — аллерготропины.

Исследования, проводимые Институтом иммунологии в рамках международной программы изучения системы HLA, привели к крупным успехам в генотипировании, подборе доноров для трансплантации органов и тканей, разработке систем для генодиагностики. Разработаны оригинальные HLA-гено-типирующие реагенты, прошедшие международный контроль качества, выявлены генетические факторы предрасположенности к ряду заболеваний, в частности, инсулинзависимому сахарному диабету.

В Институте иммунологии создана и внедрена в практическое здравоохранение унифицированная система оценки иммунного и аллергического статуса. Разработаны и реализованы программы массовых иммунологических обследований, которые позволили выявить распространенность иммунопатологии и аллергических заболеваний в России, установить связь нарушений иммунной системы с воздействием неблагоприятных внешних факторов, разработать систему прогнозирования риска возникновения аллергий и иммунодефицитов у людей, проживающих в экологически неблагоприятных районах страны.

В состав Института иммунологии входит специализированная клиника на 200 коек, в которой имеются научно-клиническое отделение, отделения общей аллергии, бронхиальной астмы, иммунодефицитов детей и взрослых, интенсивной терапии, функциональной диагностики, клинико-диагностическая лаборатория. В клинике проводится эффективная диагностика и лечение иммунопатологии и аллергий. Клиника является важным научным подразделением Института, где осуществляется создание новых методов лечения и диагностики иммунозависимых заболеваний. Институт иммунологии является базовым учреждением по испытанию лекарственных, профилактических и диагностических средств в области иммунологии и аллергологии в системе Фармакологического комитета Российской Федерации.

Институт является ведущим научно-организационным центром. Он координирует деятельность более 50 научно-исследовательских организаций по разработке новых лекарственных препаратов — иммуномодуляторов, вакцин нового поколения и диагностических систем. Под научно-методическим и организационным руководством Института создана и функционирует сеть региональных центров и лабораторий клинической иммунологии.